Si ya llevas un tiempo en Ubuntu te habrás dado cuenta que los temas tanto de iconos como de la interfaz del sistema que no vienen instalados por defecto no se conservan cuando estas utilizando alguna aplicación que solo puede realizar las tareas como superusuario, los ejemplos más comunes son el Gestor de paquetes Synaptic o utilizar nautilus como superusuario, en este último es en el que más se nota la ausencia de los temas.
En realidad esto es muy fácil de corregir, y para no complicarlo tanto solo tienes que enlazar las carpetas que corresponden a los temas de iconos o de la interfaz o incluso las fuentes que utilizas si es que las tienes personalizadas.
Tal vez solo te interese que los temas y no los iconos o las fuentes, etc. sean las que se muestren pero no todos, por eso estará dividido en varias secciones.
Lo que vamos a hacer en cada una de las carpetas (.themes, .icons, fonts) va a ser un acceso directo en root para que los mismos temas permanezcan

• Enlazar temas gtk-metacity

Abre una Terminal (Aplicaciones/Accesorios/Terminal) y ejecuta lo siguiente:

sudo ln -s /home/tu_usuario/.themes /root/.themes

En ese mismo momento si estas ejecutando nautilus como superusuario (Alt+F2 y escribe gksudo nautilus, pon la contraseña y da enter) se debe mostrar el mismo tema que ya tienes en tu cuenta de usuario normal

• Enlazar tema de iconos

Tal vez estos sean los principales en enlazar por que las carpetas que se muestran como superusuario no son muy bonitas que digamos.
En la misma terminal anterior o en una nueva ejecuta:

sudo ln -s /home/tu_usuario/.icons /root/.icons

De nuevo los iconos deben de cambiarse en ese momento por los que estés usando en tu cuenta normal.

• Enlazar las fuentes del sistema

Si quieres que todo el sistema sea uniforme en la interfaz este es el último paso, para enlazar las fuentes ejecuta lo siguiente en una terminal:

sudo ln -s /home/tu_usuario/.fonts /root/.fonts

Con esto ya tendremos enlazadas los mismos temas de iconos, de controles y las fuentes del sistema, tanto para superusuario como para tus cuentas de usuario “normal”

|Vía: Entre tuxes y pepinos