En los blogs de Linux (específicamente en el blog de Matthew Garrett) se ha estado corriendo la noticia de que que Automátix puede crear inestabilidad en el SO. En es te blog si he creado tutoriales en los que he nombrado Automátix sin embargo nunca he dicho que sea indispensable para todo, ya que existen formas mucho más eficientes y rápidas para hacer las cosas (Instalar Aplicaciones en Ubuntu).
En cuanto a las principales inestabilidades que se destacan en Automatix son:

• No cumple con las exigencias de Debian y Ubuntu.
• Puede eliminar paquetes sin advertir al usuario
• Al borrar archivos podría impedir que arrancara el sistema
• No tiene gestor de dependencias
• No reconoce las mísmas aplicaciones que puede instalar, si las haz instalado por otro medio que no sea Automatix

Yo mantengo Automatix actualizado, y siempre que aparece una nueva versión la instalo, sin embargo no lo uso con frecuencia, ni siquiera una vez al mes y digamos que lo que instalo son cosas con las que no pude solucionar de otra manera o que era más rápido hacer desde Automatix (Instalar codesc, navegador de internet, plugin flash de firefox).

Si ya tienes instalado Automatix podemos reducir el “riesgo” de que cause inestabilidad en el sistema realizando los pasos siguientes (blog Obux):

1. Desactivar los repositorios de Automatix en el menú Archivo (File)
2. Buscar en algún otro lugar los paquetes que no encuentres en Synaptic por ejemplo Getdeb.
3. Mediante la Terminal (en lo personal el mejor método), puedes instalar aplicaciones con apt y aptitude, si no sabes como hacerlo puedes visitar el tutorial de este blog sobre Como instalar aplicaciones en Ubuntu o buscar más información en Google.
   Saludos.

   |Vía: Ubuntu Life, Entre tuxes y pepinos.